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本次下发的通知是在吸收各地开展土地增值税清算取得的经验基础上，规范了清算的操作程序，明确了清算的条件及有关征管问题，是根据条例和细则以及征管法的有关规定制定的征管办法，并不是一项新的税收政策。
《通知》带来了在征管方面的一些新变化，这主要体现在如下几方面：
(一)明确了土地增值税的清算单位和清算条件
1．清算单位。《土地增值税暂行条例》规定的纳税义务人为转让国有土地使用权、地上的建筑及其附着物并取得收入的单位和个人。不论法人与自然人、不论经济性质、不论内资与外资企业、不论中国公民与外籍个人、不论是何部门，只要符合规定，均为纳税人。
而这次《通知》第一条仅规定了土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。
2007年《四川省土地增值税征收管理暂行规定》规定：开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅以及其他商业用房，应分别核算增值额。我省增值额的计算方法为：先按核算项目整体计算增值额和增值率，确定相应的税率后，再按销售(面积)比例分别计算增值额。具体清算过程中，我省土地增值税按纳税人转让房地产取得的收入减除取得土地所有权支付的金额、开发土地的成本和费用、新建房及配套设施的成本和费用、与转让房地产有关的税金等扣除项目后的余额计征，实行上述四级超率累进税率。
2．清算条件。《通知》同时严格规定了土地增值税的清算条件，分为法定清算和酌定清算两种情况：
(1)法定清算情形，指的是符合该类条件的纳税人必须进行土地增值税清算的情形。符合下列情形之一的，纳税人应进行土地增值税的清算：①房地产开发项目全部竣工、完成销售的； ②整体转让未竣工决算房地产开发项目的；③直接转让土地使用权的。
(2)酌定清算情形，是指符合该类条件的纳税人由税务机关酌情处理，税务机关可以要求其进行土地增值税清算的情形。符合下列情形之一的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算： ①已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的； ②取得销售(预售)许可证满三年仍未销售完毕的；③纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的； ④省税务机关规定的其他情况。
由于房地产开发周期长、土地增值税计算涉及收入、成本费用及其他扣除项较多，使得土地增值税计算复杂；房地产开发企业经常存在跨时间、跨地域的多个项目同时开发或先后滚动开发的情况，使得计算土地增值税对项目的成本和费用扣除时不易分清负担的项目对象，企业很容易通过把项目混淆，以达到重复扣除费用和多扣除费用的目的。而根据《通知》，清算的对象、条件则相对明确。
(二)明确规定了土地增值税核定征收的情形
《通知》对于没有设置帐簿或帐目混乱的房地产开发企业，如何进行清算也进行了明确，即实行核定征收。规定土地增值税的核定征收范围是：
(1)依照法律、行政法规的规定应当设置但未设置账簿的；
(2)擅自销毁账簿或拒不提供纳税资料的；
(3) 账目混乱或者资料凭证不全，难以确定转让收入或扣除项目金额情况；
(4)未按照规定期限办理清算手续、逾期不清算等行为；
(5)申报的计税依据明显偏低，又没有正当理由的。
2007年《四川省土地增值税征收管理暂行规定》补充规定，房地产开发企业将房地产交由销售企业，只开发不销售，提供不出销售收入凭据的情形纳入核定征收范围，按不低于预征率的征收率核定征收土地增值税。为了推动和加强土地增值税清算，也考虑到各地预征率高低不等，四川省地税局将核定征收率规定在1.5%-2.5%的幅度内，具体由各地自行确定。
(三)对应税收入做了更加明确的确定
根据现行规定，纳税人转让房地产取得的应税收入，包括转让房地产的全部价款及有关的经济收益，从收入的形势看，包括货币收入、实物收入、其他收入。具体分为三种情况：(1)以房地产进行投资、联营的，投资、联营的一方以土地作价入股进行投资或作为联营条件，将房地产转让到所投资、联营的企业中时，暂免征收土地增值税。对投资联营企业将上述房地产再转让的，应征收土地增值税。(2)一方以房地产与另一方的房地产进行交换，这种行为既发生了房产产权、土地使用权的转移，交换双方又取得了实物形态的收入，属于土地增值税的征税范围。(3)房地产的出租，出租人虽取得了收入，但没有发生房产产权、土地使用权的转让，因此不属于土地增值税的征税范围。
根据形势变化，国家税务总局认为这个规定存在缺陷，并没有全面的说明应“视同销售房地产”的情况，这样，《通知》更加明确地说明了非直接销售的几种情况：(1)房地产开发企业将开发产品用于职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产等，发生所有权转移时应视同销售房地产, 其收入按下列方法和顺序确认：①按本企业在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格确定；②由主管税务机关参照当地当年、同类房地产的市场价格或评估价值确定。(2)房地产开发企业将开发的部分房地产转为企业自用或用于出租等商业用途时，如果产权未发生转移，不征收土地增值税，在税款清算时不列收入，不扣除相应的成本和费用。
(四)对土地增值税的扣除项目做了详细规定
根据现行规定，纳税人从转让收入额中减除的扣除项目有：(1)取得土地使用权所支付的金额；(2)房地产开发成本；(3)房地产开发费用；(4)旧房及建筑物的评估价格。
由于现行规定相对笼统，《通知》对土地增值税的扣除项目做了严格规定：(1)房地产开发企业办理土地增值税清算时计算与清算项目有关的扣除项目金额，应根据土地增值税暂行条例第六条及其实施细则第七条的规定执行。除另有规定外，扣除取得土地使用权所支付的金额、房地产开发成本、费用及与转让房地产有关税金，须提供合法有效凭证；不能提供合法有效凭证的，不予扣除。(2)房地产开发企业办理土地增值税清算所附送的前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、开发间接费用的凭证或资料不符合清算要求或不实的，地方税务机关可参照当地建设工程造价管理部门公布的建安造价定额资料，结合房屋结构、用途、区位等因素，核定上述四项开发成本的单位面积金额标准，并据以计算扣除。具体核定方法由省税务机关确定。(3)房地产开发企业开发建造的与清算项目配套的居委会和派出所用房、会所、停车场(库)、物业管理场所、变电站、热力站、水厂、文体场馆、学校、幼儿园、托儿所、医院、邮电通讯等公共设施，按以下原则处理： ①建成后产权属于全体业主所有的，其成本、费用可以扣除；②建成后无偿移交给政府、公用事业单位用于非营利性社会公共事业的，其成本、费用可以扣除；③建成后有偿转让的，应计算收入，并准予扣除成本、费用。(4)房地产开发企业销售已装修的房屋，其装修费用可以计入房地产开发成本。房地产开发企业的预提费用，除另有规定外，不得扣除。(5)属于多个房地产项目共同的成本费用，应按清算项目可售建筑面积占多个项目可售总建筑面积的比例或其他合理的方法，计算确定清算项目的扣除金额。
(五)对土地增值税清算依据做了明确规定
根据现行规定，土地增值税的纳税人应在转让房地产合同签订后的7日内，到房地产所在地主管税务机关办理纳税申报，并向税务机关提交房屋及建筑物产权、土地使用权证书，土地转让、房产买卖合同，房地产评估报告及其他与转让房地产有关的资料。
鉴于上述规定不够具体，时间规定较紧，《通知》为严格审查报送结算点的房产销售情况，并方便操作，更详细地规定了申报所需时间和资料——(1)符合通知法定清算情形[第二条第(一)项规定]的纳税人，须在满足清算条件之日起90日内到主管税务机关办理清算手续；符合本通知酌定清算情形[第二条第(二)项规定]的纳税人，须在主管税务机关限定的期限内办理清算手续。房地产开发企业也可委托税务中介机构对开发项目进行清算。(2)纳税人办理土地增值税清算应报送以下资料：①房地产开发企业清算土地增值税书面申请、土地增值税纳税申报表；②项目竣工决算报表、取得土地使用权所支付的地价款凭证、国有土地使用权出让合同、银行贷款利息结算通知单、项目工程合同结算单、商品房购销合同统计表等与转让房地产的收入、成本和费用有关的证明资料；③主管税务机关要求报送的其他与土地增值税清算有关的证明资料等。另外，纳税人委托税务中介机构审核鉴证的清算项目，还应报送中介机构出具的《土地增值税清算税款鉴证报告》。
(六)对清算后再转让房地产的处理做了规定
现行规定对清算后再转让房地产的处理未做规定。而《通知》规定，在土地增值税清算时未转让的房地产，如果清算后销售或有偿转让的，纳税人应按规定进行土地增值税的纳税申报，扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算。